Struktura, dynamika i funkcje białek
Kierownik zespołu: dr Rafał Augustyniak
Adres e-mail Kierownika: rafal.augustyniak@uw.edu.pl
Krótki opis tematyki badawczej:
Zespół Struktura, dynamika i funkcje białek koncentruje się na badaniu zależności pomiędzy strukturą, dynamiką a funkcją białek w warunkach zbliżonych do fizjologicznych. Głównym narzędziem wykorzystywanym w badaniach jest spektroskopia NMR w roztworze, wspierana dodatkowymi technikami biochemicznymi i spektroskopowymi. Zespół posiada doświadczenie w stosowaniu zaawansowanych strategii znakowania izotopowego oraz spektroskopii grup metylowych, co umożliwia badania dużych, złożonych układów białkowych (powyżej 50 kDa do 1 MDa).
Integralną częścią działalności zespołu jest stosowanie metod biologii molekularnej jako narzędzia do projektowania i produkcji białek rekombinowanych, które następnie są poddawane szczegółowej charakterystyce. W tym celu wykorzystywane jest zaplecze biochemiczne i spektroskopowe, obejmujące m.in. spektroskopię UV-Vis, fluorescencję, rozpraszanie światła. We współpracy z innymi zespołami stosowane są również metody obrazowania, takie jak mikroskopia fluorescencyjna, DLS i FRAP.
W centrum zainteresowania znajdują się zarówno białka globularne, jak i układy częściowo nieuporządkowane (IDP/IDR), ze szczególnym uwzględnieniem ich zdolności do tworzenia skondensowanych struktur poprzez separację faz (LLPS). Badania mają na celu zrozumienie, w jaki sposób cechy strukturalne, modyfikacje post-translacyjne oraz oddziaływania z partnerami molekularnymi wpływają na aktywność biologiczną badanych białek.
Prowadzone są m.in. badania nad:
(1) białkiem HP1α – z uwzględnieniem roli fosforylacji i wiązania jonów metali w regulacji kondensacji chromatyny (obecne finansowanie grupy ze środków NCN),
(2) białkiem MeCP2 – z hipotezą dotyczącą jego regulacji przez interakcje z domenami bogatymi w prolinę (współpraca z Dr Bahem, Upstate University),
(3) czynnikiem transkrypcyjnym IRF7 – kluczowym dla odpowiedzi immunologicznej,
(4) inicjacyjnym czynnikiem translacyjnym eIF5B – z naciskiem na jego nieustrukturyzowany region N-końcowy (współpraca z Prof. Marrem, Brandeis University).
Interdyscyplinarne podejście zespołu łączy zaawansowane metody biofizyczne i spektroskopowe z nowoczesnymi technikami biologii molekularnej, umożliwiając kompleksowe badanie funkcji białek w ich natywnym kontekście biologicznym.