Laboratorium Biologii Obliczeniowej

Kierownik zespołu: prof. dr hab. Sebastian Kmiecik

Adres e-mail Kierownika: sekmi@chem.uw.edu.pl

Krótki opis tematyki badawczej:

Laboratorium Biologii Obliczeniowej (LCBio) opracowuje i wdraża innowacyjne metody obliczeniowe do modelowania i analizy struktur oraz dynamiki biomolekuł. Nasze sztandarowe narzędzia — CABS-dock do dokowania peptydów, CABS-flex do szybkich symulacji giętkości białek oraz Aggrescan3D/4D do przewidywania agregacji i projektowania rozpuszczalności — pozwalają śledzić zmiany konformacyjne i projektować właściwości białek z unikalną precyzją predykcyjną. Integrujemy klasyczne metody modelowania z najnowszymi sieciami głębokiego uczenia, tworząc hybrydowe protokoły do badania kompleksów białko-białko, białko-peptyd, białko-RNA oraz struktur RNA. Udostępniamy nasze rozwiązania jako otwarte serwisy WWW, wspierając globalną społeczność badaczy bez konieczności własnej infrastruktury superkomputerowej. Współpracujemy z laboratoriami eksperymentalnymi m.in. przy projektowaniu leków peptydowych, nowych antybiotyków i badaniach regulacji rybosomów. Zapewniamy zaplecze superkomputerowe (klaster FunK) dla obliczeń AI i symulacji wielkoskalowych, a także oprogramowanie standalone dla użytkowników przemysłowych. Projekty NCN OPUS i SHENG finansują rozwój zintegrowanych metod do projektowania peptydowych inhibitorów interakcji białko-białko oraz modelowania dynamicznych kompleksów z wykorzystaniem danych eksperymentalnych. Dzięki interdyscyplinarnemu połączeniu bioinformatyki strukturalnej, uczenia maszynowego i chemii obliczeniowej LCBio przyspiesza odkrywanie nowych terapii i pogłębia wiedzę o mechanizmach molekularnych życia.